SEOでサイト構成を考えるなら、yahoo的なサイト構成にするのが一番だと思います。ystは米yahooのものだからわからないけど、普通に考えるなら自分が不利になるような設定にはしないか、不利にならないようにかえると思うからです。

たぶんYSTでYahooサイトがスパムになることはないでしょう。

そこでyahooを見てみると、topにあるリンクはほとんどサブドメインへのリンクになっています。全部かもしれない。そして、サブドメインではフォルダごとに分けられています。

テーマごとにサブドメインに分けていると考えることができると思います。googleはポータルではないので、それほど完全に分けきってるわけではないようです。

あんまりテーマが離れたコンテンツはサブドメインに移したほうがいいかもしれません